Vispirms komisija pārbauda balsotāju un izsniegto vēlēšanu aplokšņu skaitu. Pēc tam vēlēšanu kastes atver pa vienai, pārbauda aplokšņu derīgumu un saskaita derīgās aploksnes. Ja izmantotas reģistrācijas aploksnes, vispirms pārbauda to derīgumu un no derīgajām reģistrācijas aploksnēm izņem vēlēšanu aploksnes. Pēc skaita fiksēšanas visas derīgās vēlēšanu aploksnes tiek apvienotas.
Tālāk aploksnes atver un pārbauda tajās esošās vēlēšanu zīmes. Derīgās vēlēšanu zīmes vispirms sašķiro pēc kandidātu sarakstiem un saskaita, cik balsu saņēmis kandidātu katrs saraksts. Atsevišķi tiek pārbaudītas vēlēšanu zīmes, par kuru derīgumu var rasties šaubas, un par to derīgumu lemj iecirkņa komisija.
Pēc tam katra saraksta zīmes sadala grozītajās (ja ir PAR vai PRET atzīmes) un negrozītajās, tad grozītajās zīmēs saskaita kandidātiem izdarītās atzīmes “par” un “pret”. Tādējādi tiek noskaidrots ne tikai katra saraksta saņemto balsu skaits, bet arī vēlētāju paustais atbalsts konkrētiem kandidātiem
Lai mazinātu kļūdu iespēju, katrs skaitīšanas solis, kura rezultāts tiek izmantots protokolā, jāveic vismaz divas reizes, un atkārtoto skaitīšanu veic cits komisijas loceklis. Ja rezultāti nesakrīt, balsis pārskaita, līdz neatbilstība ir noskaidrota.
Pēc balsu skaitīšanas rezultātus ieraksta balsu skaitīšanas protokolā, kuru elektroniski paraksta komisijas locekļi. Rezultātus paziņo klātesošajiem un iesniedz pašvaldības vēlēšanu komisijai.
Pilna balsu skaitīšanas kārtība pieejama 15. Saeimas vēlēšanu balsu skaitīšanas instrukcijā - 15. Saeimas vēlēšanu balsu skaitīšanas instrukcija